Su estudio permite imaginar la época en que había una pequeña aldea de agricultores donde ahora se ubica la Ex Hacienda. Esos pobladores prehispánicos, lograron, gracias a la abundancia del agua y buenas tierras cultivar maíz, frijol, calabaza, chile y otros vegetales que consumían ellos mismos, además de ofrecer una parte a los habitantes de la ciudad sagrada de Monte Albán, cuyos vestigios aún yerguen a diez kilómetros de la Ex Hacienda.

El arqueólogo López Zárate calcula que esa aldea estuvo poblada por uno o dos centenares de habitantes que, además de cultivar la tierra, elaboraban sus propios utensilios de cerámica, pues se han hallado en la población diversos restos de cajetes y un fragmento de la cabeza de una figurilla moldeada con barro gris.

Las tierras donde se ubica  la Ex Hacienda vuelven a aparecer en la historia en un plano conocido como Mapa Yudzacono, fechado en 1698. Por sus características de fertilidad y emplazamiento geográfico, el arqueólogo López Zárate estima que Yudzacono y las tierras bajas de la Ex Hacienda de San José pueden ser el mismo lugar.

Después, en la época de la independencia, el lugar aparece en tres documentos históricos: la segunda parte de la Estadística del Estado Libre de Oaxaca, obra de José María Murguía y Galardi fechada en 1827, la cual indica que la Hacienda propiedad del presbítero José María Rodríguez, pertenecía a la municipalidad de San Andrés Ixtlahuaca. El segundo documento es el decreto de 1853 que dividió al Departamento de Oaxaca en 18 partidos judiciales e indicaba que el municipio de Atzompa tenía jurisdicción sobre las haciendas de la Soledad de Crespo, San José y Santa Catarina Montaño. El tercer documento es el primer plano detallado de la región, elaborado por orden del general Bazaine, comandante de las tropas francesas que tomaron la ciudad de Oaxaca. Fechado en 1865, el Croquis de los alrededores de Oaxaca muestra el casco de la Hacienda de San José como un gran rectángulo rodeado por media docena de casas algo distanciadas del edificio principal. 

Durante el Porfiriato, la Hacienda de San José y Santa Catarina, de 1909, o el Proyecto para la Carta de los alrededores de Oaxaca, de 1910. Pero la información más importante fue consignada en los Cuadros Sinópticos de Manuel Martínez Gracida, publicados en 1883. 

En ese libro, un apartado sobre la Hacienda de San José indica que “Confina al norte con el pueblo de San Lorenzo Cacaotepec y la Hacienda de Santa Catarina, al sur con San Pedro Ixtlahuaca, al oeste con Atzompa, al poniente con San Andrés Ixtlahuaca y San Felipe Tejalapam, éste último del distrito de Etla”. 

En 2014 la antigua Hacienda, facilitada por su propietario, comenzó a ser intervenida para crear un Centro Cultural ideado por un grupo de gestoras culturales egresadas de la Universidad Autónoma Benito Juárez de Oaxaca.

Después de varios años de intensos trabajos de restauración y adecuación, la Ex Hacienda San José Espacio Cultural abrió sus puertas el 27 de octubre de 2018.